Come già accennato, la prima raccolta di opere pubblicate da Muffat fu l’Armonico Tributo, ossia [5] Sonate di camera commodissime a pocchi ò a molti stromenti, e con questo il compositore introduce la sua idea di orchestrazione "aperta", cioè fa intendere che possono essere suonate tanto bene da un piccolo, quanto da un gran numero di strumenti, da un trio, come da una grande orchestra, possibilità che Muffat riprenderà anche per i suoi futuri concerti.
Degna di nota è la Sonata n.2: Handel deve averla conosciuta bene, visto che si ispirò al tema melodico dell’Aria, utilizzandolo in Agrippina, in una sonata per flauto, e in due concerti per organo. La sonata n. 5 è la più lunga della raccolta e, come punto culminante, finisce con una magnifica Passacaglia a 24 variazioni.
Seguì nel 1690 l'Apparatus musico-organisticus, che raccoglie delle composizioni per organo, composto in occasione dell'incoronazione di Joseph a re di Roma.
Nel 1695 Muffat pubblicò a Passau il Suavioris harmoniœ instrumentalis hyporchematicœ florilegium primum, seguito tre anni più tardi da un secondo Florilegium. Il Florilegium primum è una raccolta di sette suites orchestrali in stile francese, il secondum di otto. Singolari appaiono i titoli di parecchi movimenti della seconda raccolta: Rigodon pour les Jeunes Paisannes Poitevines, Gavotte pour les Amours, Entrée de Numa Pompilius, etc.
In questi lavori sono frequenti i cambi di tempo, le variazioni di scrittura e la contrapposizione dei passaggi veloci, o fugati, a quelli tenuti. Muffat compone sezioni orchestrali brevi e poco contrastanti, limitate ad effetti d’eco o ai suoni prima tenui e poi pieni. L’alternanza dinamica è spesso casuale, ridotta a ripetere alcune battute. La difficoltà tecnica è eguale in tutte le parti. Mancano i passaggi virtuosistici e non predomina mai uno strumento. Egli introduce nuove danze oltre a quelle tradizionali, come l’Aria, la Borea, la Passacaglia e il Rondò.
Nel 1699 Muffat pubblicò un trattato sulla pratica del continuo: Regulae concentuum partiturae.
L’ultima pubblicazione, e culmine della creatività di Muffat, risale al 1701 (Passau), intitolata Exquisitioris harmoniae instrumentalis gravi-jucundae Selectus, o Ausserlesene mit Ernst und Lust gemengte Instrumental Musik (Selezione di musica strumentale che mischia il serio ed il piacere). E' una raccolta di concerti grossi che costituisce in effetti un'edizione evoluta e rivista dell'Armonico tributo: a partire dalle cinque sonate di quella pubblicazione, realizzò sei concerti, i nn. 5, 4, 2, 11, 10 e 12. Il compositore ne ha cambiato l'ordine, il numero, la forma e la lunghezza dei movimenti; vi ha infuso maggior rigore formale; dei miglioramenti nella composizione, particolarmente una condotta più rigorosa e più espressiva delle differenti voci, una notazione più completa delle voci orchestrali e dei solisti; ha irrobustito i disegni melodici per rinforzarne l'effetto; ne ha ricomposto le parti intermedie per aumentare il contrasto soli/tutti; ha aggiunto anche delle ornamentazioni, ciò che rende appassionante il paragone di queste due opere. I rimanenti concerti erano stati composti tra 1683 e 1689 a Salisburgo.
I titoli dei movimenti, analogamente che per le suite dei Florilegium, sono suggestivi e bizzarri: Bona nova, Cor vigilans, Convalescentia, Dulce somnium, etc. Titoli che però alludono a significati extramusicali e sottendono la destinazione delle musiche alla cerimonia o all’intrattenimento; così il concerto intitolato Saeculum era per l’occasione della festa secolare della città di Salisburgo nel 1682; o il Coronatio Augusta per l'incoronazione di Joseph I nel 1689.
Tutti i concerti di questa pubblicazione sono sostanzialmente divisi in due parti, introdotte da due movimenti in stile italiano. La prima parte inizia con una Sonata, dall’andamento Grave (eccetto i n. 6 e 10 che esordiscono rispettivamente con un Allegro e una Allemanda) o che presenta un Grave, seguito da un Allegro, talvolta interrotto da una nuova sezione lenta. La seconda sezione di ogni concerto è sempre introdotta da un Grave (eccetto il n. 12 che esordisce con un’ Aria e poi un Largo). I movimenti che seguono sono delle danze (Sarabanda, Gavotta, Menuet, Giga, etc), con una distinzione tra sezioni solisti e sezioni orchestrali.
In linea di massima, Muffat riserva la sua scrittura in cinque parti per i movimenti lenti di introduzione, pure adoperando un'alternanza di soli e tutti nei movimenti o passaggi più veloci. L'ultimo concerto della serie presenta, a chiusura della serie, una monumentale Ciacona, seguita da un breve Borea.
In prefazione a questa ultima pubblicazione, Muffat concluse con l’annuncio di un’altra raccolta di suites orchestrali (Florilegium III), che però non si realizzò.

Com’è stato accennato, Muffat soleva accompagnare la pubblicazioni delle sue composizioni con lunghe prefazioni in quattro lingue (latino, tedesco, italiano e francese). Così possiamo leggere questa interessante osservazione:

“E perché non c'è nulla di così squisito, o sublime, che sentito troppo spesso non si avvilisca, consiglio al prudente Direttore di Musica, di non fare suonare troppo spesso, nè due, nè ancor meno, diversi, di questi Concerti [Florilegi] in un spazio di tempo troppo breve...”

Le introduzioni alle sue pubblicazioni costituiscono una preziosa testimonianza sulla teoria e la pratica musicale dell’età barocca. In esse, egli enuncia, in modo estremamente dettagliato, lo stile della sua musica, uno stile che evidentemente si sentiva in dovere di spiegare, essendo nuovo per la Germania del tempo. Uno stile che attingeva ad “una più squisita armonia” perché conteneva “non solamente nelle Arie la viva soavità dello stile di balletti alla francese, cavata dal puro fonte del signor Lully, ma ancora alcuni squisiti affetti del patetico italiano e scherzi musicali”. A Muffat venne la prima idea di questa mescolanza a Roma, “dove sotto il famosissimo Bernardo Pasquini imparava il modo italiano nell’organo e nel cembalo”. “Con sommo diletto e ammirazione” sentì “alcune bellissime sonate di Arcangelo Corelli... prodotte con grandissima puntualità.” e accortosi che questo stile “abbondava di gran varietà di cose” si mise a comporre alcuni di questi concerti, che provò in casa di Corelli, al quale si professò “debitore di molte utili osservazioni”.
Muffat fu il primo “a indurre in Germania saggi dei balletti alla francese, conformi allo stile del signor Battista Lulli”e così ancora fece “di questa nuova foggia di armonia (italiana), mai prima sentita in queste parti”. Muffat fornì accurate indicazioni del numero e della qualità dei suonatori e degli strumenti e della maniera di suonare i concerti: “il forte e il piano si osservino dalla prima nota dove sono segnati in tal modo che… sotto il forte si suoni con tanta veemenza, che gli uditori restino stupiti a tanto rumore”. Nella scelta del tempo “si devono imitare gli italiani, che sotto l’Adagio, Grave e Largo vanno molto più lentamente che i nostri, ed a tal segno che ben spesso pare non poter aspettarsi.”

Muffat fu uno dei primi ad avvicinare, almeno in ambito musicale, i paesi europei, come egli stesso spiega in questa riflessione, posta in prefazione al Florilegium, Nobilis Juventus:

“La mia professione è molto lontana dal tumulto delle armi e delle ragioni di Stato che le fanno impugnare. Mi occupo di note, di parole, e di suoni. Io mi esercito allo studio di una dolce Sinfonia: quando mischio delle arie francesi, o quelle dei tedeschi, o degli italiani, non è per invocare una guerra; ma piuttosto preludere forse all'armonia delle tante nazioni, all’amabile Pace.”