Compositore e virtuoso della tastiera, come molti suoi contemporanei, Handel compreso, Pasquini sapeva brillare soprattutto in pubblico con le sue improvvisazioni, ed il repertorio che c'è rimasto di lui dà un’idea solo parziale delle sue capacità. Questo traspare dal trattato di Georg Muffat Regulae concentuum partiturae (1699), dal quale si può comprendere come l'improvvisazione al basso continuo in Italia alla fine del seicento fosse un'arte che poteva sbalordire.
Pasquini era originario di Lucca. Intorno al 1650 lo si trova a Roma dove studiò con Antonio Cesti.
Nel 1663 circa divenne organista a Santa Maria Maggiore e l'anno dopo, sino alla sua morte, a S. Maria in Aracoeli  e all'Oratorio di SS. Crocifisso (1664-85).
Verso il 1670 divenne maestro di musica del principe Giambattista Borghese e della regina Cristina di Svezia.
Nel 1706, Pasquini fu ammesso, assieme ad Arcangelo Corelli e Alessandro Scarlatti, all'Accademia dell'Arcadia.
Rinomato come insegnante, ebbe fra i suoi studenti Francesco Gasparini, Muffat e forse Domenico Scarlatti.
Compose parecchia musica vocale,  di cui molta è andata perduta, approssimativamente diciassette oratori, quattordici opere e cinquanta cantate. La sua attuale reputazione si basa sulla sua produzione per clavicembalo, caratterizzata da vivacità ed eleganza.